Cronologia - 1205-1209
In giugno, partecipa all'ultima festa con gli amici. È probabilmente del periodo successivo l'incontro con un lebbroso nella campagna d'Assisi, mentre in autunno o verso la fine dell'anno riceve il messaggio del Crocifisso di San Damiano. Iniziano i conflitti con il padre.
1206In gennaio o febbraio è convocato in giudizio davanti al vescovo d'Assisi, Guido II, e rinuncia all'eredità paterna. Fa poi lo sguattero in un monastero, prima di recarsi a Gubbio, dove si prodiga nell'assistenza dei lebbrosi. In estate, torna ad Assisi, dove indossa un abito da eremita. Comincia a riparare la chiesetta diroccata di San Damiano, quindi quelle di San Pietro e di Santa Maria degli Angeli della Porziuncola.
1208Il 24 febbraio, festa di san Mattia apostolo, ascoltando il Vangelo, rimane colpito dalle parole che Gesù rivolge ai discepoli inviandoli nel mondo. Francesco decide di smettere la veste d'eremita e d'indossare una rude tonaca, si cinge i fianchi con una corda e a piedi nudi inizia a predicare la penitenza. Il 16 aprile, Bernardo di Quintavalle e Pietro Cattani s'associano a lui. Il 23 aprile li raggiunge Egidio d'Assisi, che si reca a predicare con Francesco nella Marca d'Ancona, mentre gli altri due vanno in direzione opposta. Nell'estate, s'uniscono al gruppo altri tre giovani assisiani. Tra l'autunno e l'inverno Francesco e compagni compiono altre due missioni di predicazione. Alla fine dell'anno sono in otto.
1209Il gruppo torna alla Porziuncola, dove accoglie altri quattro membri. Raggiunto il numero simbolico di dodici, Francesco decide si sottoporre all'approvazione della chiesa la sua nuova forma di vita. Fa scrivere perciò una breve "Regola" (andata persa) che presenta al papa Innocenzo III a Roma. Questi l'approva verbalmente e incarica il gruppo di proseguire la predicazione penitenziale. Rientrati da Roma, sostano in un tugurio di Rivotorto, prima di stabilirsi alla Porziuncola, ricevuta in uso dall'abate di San Benedetto del Subasio.